Per i libri a stampa (antichi e moderni) il catalogo principale è il catalogo collettivo online del sistema bibliotecario padovano che contiene, relativamente alla Biblioteca Universitaria, tutti i volumi posseduti e datati dall’anno 1974 in poi: GalileoDiscovery

Per le opere precedenti il 1974, e soprattutto per i libri antichi (cioè stampati fino al 1830), la copertura effettiva non è completa, quindi, se il titolo desiderato non compare, è necessario anche consultare il catalogo a schede per autori e titoli, in sede al primo piano (oltre ad altri generali). Vi sono anche una serie di cataloghi speciali per diverse tipologie (periodici, ritratti, stampe, musica, carte geografiche, ecc.).

Esiste poi il Catalogo collettivo delle biblioteche padovane: è costituito dalle schede dei volumi posseduti, all’anno 1968, da numerose biblioteche cittadine, ma non della Biblioteca Universitaria stessa (per la quale valgono le indicazioni sopra dette). Oltre al catalogo originale in sede, è accessibile una versione digitalizzata; una sigla nella scheda indica la biblioteca proprietaria (ad. es. BC = Biblioteca Civica; BS= Seminario, ecc.; qui la lista completa), ma le notizie sono sempre da verificare, specie in considerazione dei cambi di denominazione ed accorpamenti di biblioteche avvenuti nel corso di decenni.

Riguardo ai manoscritti, le nuove catalogazioni sono pubblicate nei progetti Manusonline e Nuova Biblioteca Manoscritta ma i codici descritti sono ad oggi solo alcune centinaia. Tutti sono comunque descritti nel catalogo Regia Bibliotheca Manuscripta e/o nel Catalogo topografico dei manoscritti, disponibili, insieme con vari altri, fra i cataloghi storici digitalizzati.

Di alcuni fondi, sia manoscritti sia a stampa, e in occasione di iniziative specifiche, sono stati realizzati cataloghi a stampa, talvolta arricchiti da contributi scientifici, liberamente scaricabili tra le pubblicazioni della Biblioteca.